【Q&A】瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

来源: 发表日期:2018-08-03 浏览量:66

  什么是转录组测序

  转录组测序(即RNA-seq)是RNA研究很重要的手段,研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的RNA情况。


  转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

  转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。


  常见问题集锦

  近日,小编收到了很多大家在进行转录组测序时遇到的问题,在此给大家解答一下↓↓↓↓↓

  Q 转录组测序和lncRNA测序的区别?

  A 转录组测序是只检测mRNA,lncRNA测序是既检测mRNA又检测lncRNA。

  Q 实验组和对照组的取样原则?

  A 推荐根据表型或检测数值显著变化的组别作为实验组和对照组。


实验组对照组的选取

  Q 转录组测序能否检测到指定的pathway?

  A 检测到哪些通路取决于样本及其不同分组的差异,获得的结果是基因显著富集得到的pathway。

  Q 实验组和对照组样本做转录组测序的生物学重复?

  A 为保证生物信息分析的统计学意义,要求每组至少3个重复;为避免个体差异影响结果,推荐每组大于5个重复。

  Q 全转录组测序的方案?

  A 全转录组测序检测的是small RNA,circRNA,lncRNA及mRNA,目的是分析其在细胞中的互作网络关系,检测方案是建两个库(一个是small RNA数据量10M,一个是lncRNA+circRNA+mRNA数据量12G),其所需样本量大于转录组测序。


互作网络分析图

  Q 转录组测序得到的结果验证方法有哪些?

  A qRT-PCR、Western blot、northern blot、原位杂交、免疫荧光、荧光素酶报告系统、RIP、过表达、基因敲除/沉默和转基因等。

  以上问题是小编总结的一些比较常见的问题,如果您有其他疑惑,欢迎随时联系我们。康普森生物助力您的科研方案顺利实施~


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