【玉米品种鉴定、种质资源评估研究神器】6H90K芯片介绍

芯片探针数目9万个，由北京市农林科学院玉米研究中心在系列SNP鉴定芯片研究基础上，结合大量国内外具有广泛代表性的玉米自交系深度测序结果，开发的一款玉米新型SNP芯片--6H90K，由康普森生物定制完成；该产品集成了多张芯片（MaizeSNP200K、 MaizeSNP3072、 ISF3072、 MaizeSNP384、 MCIDP50K、 MaizeSNP50K） 的高效位点。

7万多SNP：兼容Themo Fisher Axiom、Illumina infinium两大芯片平台；

7千多INDEL：基于测序数据，自主开发并且经过芯片试验评估良好的位点；

PAV位点：B73参考基因组上没有包括，在国内自交系中含有的序列，并从中开发稳定的、多态的SNP或INDEL位点（以SNP为主）；

叶绿体多态位点：叶绿体基因组中开发稳定的、多态的SNP或INDEL位点（以SNP为主）；

品种鉴定核心位点：基于前期芯片研究与应用基础，确定适于玉米品种鉴定核心位点；

均匀分布：位点按照遗传、物理图谱相对均匀分布；

位点分型准确、自动化：基因型数据获得能够自动化分析，无需手工调整。

高密度（High Density）：芯片探针密度为9万个；

高质量（High Quality）：高质量的PHR类型（参见位点分型图）位点数目达到90%以上，并且基因型数据能够自动化分析；

高鉴别力（High Discrimination）：位点MAF值≥ 0.2；

高灵活性（High Flexibility）：采用Themo Fisher公司96孔芯片格式，试验安排灵活度高；

高性价比（High cost benefit）：中高密度芯片性价比较高；

高兼容性（High Compatibility）：兼容Themo Fisher和Ilumina两大主流芯片检测平台，涵盖了9个种质群、热带资源、甜糯以及地方品种等。

位点在玉米染色体上的分布情况