【科普】抗性基因数据库！此CARD非彼card！

　　CARD？今天小编可不是想跟您PLAY CARDS，此CARD包罗万象，跟我们的健康息息相关。下面就来揭开它的庐山真面目：

　　CARD是什么？

　　CARD主页

　　CARD (the Comprehensive AntibioticResearch Database)数据库是加拿大生信人员在2013年发布的抗性基因数据库，它包含了ARDB数据库中所有的抗性信息。

　　CARD以Antibiotic Resistance Ontology(ARO)为分类单位的形式所构建，其中ARO是数据库所构建term，用于关联抗生素模块及其目标、抗性机制、基因变异等信息。

　　数据库的地址：https://card.mcmaster.ca/home

　　目前，CARD数据库收集了超过1600个已知的抗生素抗性基因。近年来人们对抗性基因越来越重视，CARD也越来越受到欢迎。

　　CARD为什么受欢迎？

　　随着抗生素药物的发现及使用，产生了越来越多的耐药菌株。耐药性会增加疾病治疗的难度和成本，通过对耐药基因的鉴定挖掘，可以帮助我们揭开耐药机制，为疾病治疗、药物研发提供参考。

　　不管是人肠道微生物还是其他环境微生物中，抗性基因是普遍存在的。抗生素的滥用导致人体和环境中微生物群落发生不可逆的变化，对人体健康和生态环境造成风险，因此抗性基因的相关研究受到了研究者的广泛关注。

　　如何预测耐药基因？

　　首先在CARD数据库网站，点击Analyze选项可进入耐药基因预测界面。耐药基因预测分析可通过选择BLAST和RGI(Resistance Gene Identifier)两种模式来实现。

　　BLAST是依赖NCBI中BLAST软件，将序列与CARD参考序列进行比对，获得相关的注释信息。

　　RGI是CARD数据库团队开发的基于蛋白预测抗性基因序列的软件，即通过蛋白同源和蛋白变异来预测抗性基因序列。

　　耐药基因分析界面

　　ARO分析结果展示

　　目前，CARD注释广泛应用于微生物的基因注释分析，尤其是在宏基因组测序结果预测中有广泛的应用。感兴趣的亲欢迎随时联系我们，更多微生物研究方案等着您！联系电话：400 186 9509。