【科普】抗性基因数据库!此CARD非彼card!

来源: 发表日期:2018-07-16 浏览量:175

  CARD?今天小编可不是想跟您PLAY CARDS,此CARD包罗万象,跟我们的健康息息相关。下面就来揭开它的庐山真面目:

  CARD是什么?

  CARD主页

  CARD (the Comprehensive AntibioticResearch Database)数据库是加拿大生信人员在2013年发布的抗性基因数据库,它包含了ARDB数据库中所有的抗性信息。

  CARD以Antibiotic Resistance Ontology(ARO)为分类单位的形式所构建,其中ARO是数据库所构建term,用于关联抗生素模块及其目标、抗性机制、基因变异等信息。

  数据库的地址:https://card.mcmaster.ca/home

  目前,CARD数据库收集了超过1600个已知的抗生素抗性基因。近年来人们对抗性基因越来越重视,CARD也越来越受到欢迎。

  CARD为什么受欢迎?


  随着抗生素药物的发现及使用,产生了越来越多的耐药菌株。耐药性会增加疾病治疗的难度和成本,通过对耐药基因的鉴定挖掘,可以帮助我们揭开耐药机制,为疾病治疗、药物研发提供参考。

  不管是人肠道微生物还是其他环境微生物中,抗性基因是普遍存在的。抗生素的滥用导致人体和环境中微生物群落发生不可逆的变化,对人体健康和生态环境造成风险,因此抗性基因的相关研究受到了研究者的广泛关注。


  如何预测耐药基因?

  首先在CARD数据库网站,点击Analyze选项可进入耐药基因预测界面。耐药基因预测分析可通过选择BLAST和RGI(Resistance Gene Identifier)两种模式来实现。

  BLAST是依赖NCBI中BLAST软件,将序列与CARD参考序列进行比对,获得相关的注释信息。

  RGI是CARD数据库团队开发的基于蛋白预测抗性基因序列的软件,即通过蛋白同源和蛋白变异来预测抗性基因序列。


  耐药基因分析界面

  ARO分析结果展示

  目前,CARD注释广泛应用于微生物的基因注释分析,尤其是在宏基因组测序结果预测中有广泛的应用。感兴趣的亲欢迎随时联系我们,更多微生物研究方案等着您!联系电话:400 186 9509。


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